文官最高机构叫“国务阁”，在政务阁内办公的大臣称为“内阁大臣”，赵固本是内阁总理大臣。政务阁下辖六部，六部各辖四司，总计二十四司；
军事最高机构叫“军机阁”，胡山为“首席军机大臣”，其它军机阁大臣被称为“军机大臣”。
建国的“政务阁”和“军机阁”和原来的“政务署”和“军务署”，在组织机构上，并没有做太大的调整。只是在国家层面的机构上，给“政务署”和“军务署”换了个名称，又把相关机构和官员的品级提了上来。
因为这次建国的时间还是有些仓促，又面临“蛮人决战”这样的一个外部压力。所以建国之事，在国内管理的基层层面，没有多大的变化。这样基层不变的好处是，虽然“大明”建国，但是绝大多数人以及在日常的事物上，多数人没有剧烈变化的感觉，避免了让普通百姓因为建国，在日常生产生活上感到无所是从。建国有提升了管理的层级和行政上限，使得内部上下管理上有一脉相承。