情报确保无误后，剩下来要做的就是暗杀的时间、地点、方法和人选的选择。
关于暗杀的时间，这个不用多说，当然是张作霖离京返奉的那段时间。如果从6月3日1时张作霖离京算起，到6月4日5时暗杀成功，时间跨度为28个小时，这么长的时间内，足够日本人做好各种暗杀准备了。
关于暗杀的地点，这个最让人头痛，因为沿线戒备森严。河本最初选择的是巨流河上的大铁桥。但是当他派工兵队中队长前去侦察一番后，发现无隙可乘，就算瞅准机会偷偷混进去了，安装炸药最少也得一个星期，时间不够。这个地点只得放弃。后经多方研究，才找到了满铁线和京奉线交叉的三洞桥，因为在这个地方，满铁线从上面穿过，京奉线从下面穿过，日本人在三洞桥活动，不会引起别人的注意。同时，根据当时签订的南满铁路条约，中国军警不能靠近南满铁路。这就为他们布置埋设重磅炸药，提供了十分有利的条件。
关于暗杀的方法，河本也精心策划，设置了前后手两招：前招是不留痕迹的用炸药炸毁火车，万一爆炸失败，那么紧跟着还有后招，那就是设计让火车出轨，然后乘乱派刺刀队直接冲上去刺杀。